从平邓奉
公元26年(建武二年)，岑彭进军荆州，攻克犨、叶等十余城。此时，南方局势混乱。秦丰、董欣、许邯各自起事，更始诸将也各自拥兵占据南阳诸城。刘秀派吴汉前往征伐，结果吴汉治军不严，部下多有侵扰掠夺之举，逼反了破虏将军邓奉。邓奉击破吴汉，占据淯阳，并联合秦丰等势力。同年秋，岑彭逼降许邯，升任征南大将军，又与贾复、耿弇等人讨伐邓奉，结果数月不能破敌。
公元27年(建武三年)四月，刘秀亲征邓奉，在叶(地名)遭到董欣部将的截杀。岑彭前来相救，保护刘秀到达堵阳。邓奉逃往淯阳，董欣投降。岑彭于是随刘小说中的岑彭画像秀追击邓奉，一直追到小长安(南阳南)，邓奉兵败请降。刘秀本打算赦免邓奉，后在岑彭与耿弇的劝说下将其斩杀。
围攻秦丰
五月，刘秀回师，岑彭与傅俊、臧宫等人南击秦丰，攻克黄邮。秦丰和在邓(地名)坚守，岑彭数月无法破城。刘秀责备岑彭，岑彭连夜集合兵马，扬言要"明日西击山都"，却暗中渡过沔水，在阿头山大破秦丰部将张扬。然后，直奔秦丰的大本营黎丘，击败留守部队。秦丰急忙回师救护，岑彭与诸将依山扎营。秦丰和蔡宏趁夜来袭，被早有准备的岑彭出兵迎击，最终秦丰败走，蔡宏被杀。战后，岑彭因功被改封为舞阴侯。
公元28年(建武四年)二月，占据夷陵的田戎留部下辛臣驻守夷陵，自己则到黎丘准备归降岑彭。不料辛臣却盗走田戎的珍宝，抄近路抢先依附了岑彭，并且写信招田戎来归降。田戎怀疑辛臣出卖自己，不敢投降，于是和秦丰合兵抵抗。岑彭出兵攻打田戎，田戎兵败逃回夷陵。十二月，刘秀到黎丘犒赏军士，封赏岑彭部下有功者一百余人。此时，黎丘兵马仅有千余人，刘秀命朱佑代替岑彭围城，令岑彭与傅俊消灭田戎。
平定荆州
公元29年(建武五年)二月，岑彭攻占夷陵，一直追击田戎到秭归，俘虏田戎家眷、士兵。不久，岑彭命威虏将军冯骏驻军江州，都尉田鸿驻军夷陵，领军李玄驻军夷道，自己则率兵还驻津乡，据守荆州冲要之地。
十二月，岑彭写信给旧友交趾州牧邓让，陈说刘秀的威德，劝其归降。同时，岑彭派偏将军屈充移檄江南，颁行诏命。不久，邓让和江夏太守侯登、武陵太守王堂、长沙相韩福、桂阳太守张隆，零陵太守田翕、苍梧太守杜穆、交趾太守锡光等相继派遣使者，贡献方物礼品。
公元30年(建武六年)，刘秀召岑彭入京，几次接见欢宴，厚加赏赐。不久，岑彭南还津乡，路过家乡南阳棘阳时，还奉诏祭祀祖坟。此外，刘秀还令大长秋在初一和十五探望岑彭的母亲，以示关怀。