天然存在的野生型质粒由于分子量大、拷贝数低、单一酶切位点少、遗传标记不理想等缺陷，不能满足克隆载体的要求，因此往往需要以多种野生型质粒为基础进行人工构建。
质粒载体按功能分：
克隆载体—都有一个松弛的复制子，能带动外源基因，在宿主细胞中复制扩增。它是用来克隆和扩增DNA片段（基因）的载体。
表达载体—具有克隆载体的基本元件（ori,Ampr,Mcs等）还具有转录/翻译所必需的DNA顺序的载体。
质粒载体按进入受体细胞类型分：
原核载体
真核载体
穿梭载体（sbuttle vector）指在两种宿主生物体内复制的载体分子，因而可以运载目的基因（穿梭往返两种生物之间）。穿梭质粒含原核和真核生物2个复制子，以确保两类细胞中都能扩增。
质粒载体按功能分：
高拷贝质粒：突变拷贝数控制基因 拷贝数1000-3000扩增基因
低拷贝质粒：来自pSC101 拷贝数小于10 表达某些毒性基因
温敏质粒：在不同温度下表现出拷贝数、整合等不同性质
测序质粒：含有测序通用引物互补序列和多酶接头polylinker
整合质粒：装有整合促进基因及位点 便于外源基因的整合
探针质粒：装有报告基因 便于启动子等元件的克隆筛选